提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
河南兰考深入乡村宣讲党的二十大精神 凝聚全面推进乡村振兴强大力量******
中国青年网开封1月9日电 1月6日,开封市委宣讲团成员,兰考县委副书记、三义寨乡党委书记陈宣陶走进白云山村,向乡村两级干部和群众宣讲党的二十大精神,凝聚全面推进乡村振兴的强大力量。
党员干部群众围坐在一起,学习党的二十大精神。李琨 摄
活动现场,党员干部群众围坐在一起,共同交流学习党的二十大精神的体会感悟,共话乡村振兴。陈宣陶围绕《深入学习宣传贯彻党的二十大精神》主题,着重从党的二十主题和主要成果、过去5年的工作和新时代10年的伟大变革、马克思主义中国化时代化、中国式现代化、全面建设社会主义现代化国家的目标任务、坚持党的全面领导和全面从严治党、应对风险挑战等七个方面,对党的二十大精神进行了系统阐述和深入解读。
陈宣陶向乡村两级干部和群众宣讲党的二十大精神。李琨 摄
通过深入浅出的语言,让大家对党的二十大精神的丰富内涵、精髓要义和实践要求有了更深刻的领会。面对面、互动式的宣讲交流,引发听众共鸣。大家纷纷表示,听了宣讲后对党的二十大精神有了更深刻认识,在今后的工作中,要深入践行党的二十大精神,在全面推进乡村振兴的征程中接续奋斗,以新思想、新理念、新要求书写新时代高质量发展的新答卷。(李琨)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)